Letišti Sitia slouží jediný terminál. Odlety jsou v pravé části při pohledu zvenčí, přílety v levé.

Terminál má pouze přízemní podlaží. Odbavení i bezpečnostní kontrola jsou společné pro všechny lety, až v airside se gaty rozdělují na lety v rámci Schengenského prostoru a za pasovou kontrolou je i jeden gate pro lety mimo Schengenský prostor.