Letiště El Dorado má moderní a velký hlavní terminál 1 a menší terminál 2, který využívají pouze malé aerolinky Easyfly a Satena.

Přestupy jsou velmi snadné a dobře organizované. Při mezinárodním přestupu (např. Madrid – Bogota – Panama) nemusíte procházet imigrační kontrolou. To samé platí i u přestupu mezi vnitrostátními linkami, opět neprocházíte žádnou bezpečnostní kontrolou.

Při přestupu z mezinárodního na vnitrostátní let budete muset nejdříve projít imigračním, vyzvednout své zavazadlo a následně ho znovu odbavit.

Budete-li se potřebovat přesunout z hlavního terminálu 1 na malý terminál 2, využijte kyvadlovou autobusovou dopravu zdarma. Zastávky jsou vždy v úrovni přízemí terminálů na několika místech, autobus je označený jako "Eldorado Shuttle Bus". Jezdí zdarma zhruba každých 10 minut a přesun zabere kolem 20 minut.