Guarulhos má tři terminály: 1, 2 a 3. Terminály 2 a 3 jsou vzájemně propojené veřejnou i tranzitní částí. Mezi všemi terminály jezdí kyvadlový letištní (zelený) autobus zdarma, a to zhruba jednou za 10 minut, během noci pak jednou za 20-30 minut. Přestup mezi terminály 2 a 3 je mnohem rychlejší realizovat pěšky (cca 10 minut vnitřkem budovy) než kyvadlovým autobusem.

Pokud máte jednu přestupní letenku, obvykle nebudete muset opouštět terminál, respektive tranzitní zónu. Značení je přehledné a přestupy dobře organizované. Při mezinárodním přestupu neprocházíte pasovou kontrolou, avšak bezpečností ano.

Přestupujete-li z mezinárodního na vnitrostátní let, vždy je třeba vyzvednout zavazadlo, projít celní kontrolou a znovu se odbavit na další let. V opačném případě, tj. při přestupu z vnitrostátního na mezinárodní let, bude vaše zavazadlo obvykle odbaveno už z počátečního letiště až do cíle a nemusíte jej vyzvedávat, pokud jsou lety na jedné letence.